All’inizio degli anni venti del ‘900 fu messa in cantiere la costruzione di una linea ferroviaria che collegava Mendrisio e la linea del Gottardo a Castellanza a nord di Milano, dove vi era già una linea che arrivava fino alla Valmorea. Nel 1926 dopo diversi problemi fu finalmente inaugurato il tratto Mendrisio – confine di Stabio. L’Internazionalità della linea durò poco, in quanto Mussolini e il governo fascista decisero di far terminare la ferrovia sul confine italo-svizzero di Santa Margherita di Stabio, costruendo un’iconica cancellata che allora si integrava nella rete confinaria e sopravvive tutt’ora. I motivi sono da ricercarsi nella gestione privata della ferrovia, in mano soprattutto a capitali stranieri, cosa che strideva con le iniziative per il controllo del sistema produttivo ed industriale italiano in atto da parte del regime in quegli anni. Inoltre la linea Milano–Chiasso depotenziava gran parte del via vai ferroviario sul neonato tratto. Il capolinea italiano venne arretrato inizialmente a Malnate, per poi subire successive riduzioni. Nel 1952 cessa il servizio passeggeri ancora presente da Castellanza a Malnate. Nel 1977 cessa anche il servizio merci e la linea viene completamente abbandonata. Sul lato elvetico quella tratta divenne binario industriale e pure turistico. Attualmente il doppio binario che porta da Mendrisio a Varese utilizza parte di quella tratta.